世纪之交，面对高等教育发展新的机遇与挑战，学校提出新时期“一体两翼三基”的办学总格局和新型综合性大学办学目标，进一步扩大办学规模，改革人才培养模式，推进素质教育，提高人才培养质量，开展内部管理改革，各项事业取得新的发展。

1999年1月9日，学校召开中国共产党五邑大学第四次党员大会。

1999年7月17日，五邑大学在第四届教代会和第五届工代会上提出了“一体两翼三基”的办学总格局。

2008年1月4日，学校召开中国共产党五邑大学第五次党员大会。

2008年，学校接受教育部本科教学水平评估并获得优秀等级，向侨乡人民交了一份满意答卷。

2009年，学校启动学院制改革工作，在全日制二级教学单位组建12个学院、1个系、2个教学部。

2010年开始，学校加快人才培养模式改革的步伐，初步构建起以“综合实验班”为龙头的应用型人才协同培养的多样化格局。

学校学科建设和科研创新取得系列成果，服务社会能力显著增强。

2008年4月8日，学校召开五邑大学董事会成立大会暨董事会第一次全体会议。